En 1993 el Congreso de Colombia expidió la Ley 99, por la cual se creó el Ministerio del Medio Ambiente, hoy Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sotenible, se reordenó el sector público encargado de la gestión y conservación del medio ambiente y los recursos naturales renovables, y se organizó el Sistema Nacional Ambiental, SINA.

El artículo 20 de la citada ley, transformó la Corporación Colombiana para la Amazonia Araracuara, en el Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas Sinchi, el cual se organizó como una corporación civil sin ánimo de lucro, de carácter público, pero sometida a las reglas de derecho privado, organizada en los términos establecidos en la ley 29 de 1990 y el decreto 393 de 1991, vinculada al Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sotenible, con autonomía administrativa, personería jurídica y patrimonio propio. La misma norma dispuso que pueda asociarse con entidades públicas o privadas de carácter nacional o internacional interesados en la investigación del medio amazónico.