El Centro de Documentación fue establecido en 1982, por la entonces Corporación Araracuara y está especializado en temas relacionados con la región amazónica (aspectos socio-económicos, ambientales, históricos, etc.), lo cual lo constituye en la unidad de información que posee la mayor cantidad de información sobre la Amazonia.

Posee más de 12.000 registros de documentos sistematizados en el programa WINISIS, los cuales incluyen la colección general, la memoria institucional, artículos de revista y la colección de recortes de prensa. Además de esto, cuenta con 70 títulos de revistas. A través del Centro de Documentación se puede consultar la base de datos de la unidad de información de apoyo del Herbario Amazónico Colombiano y hacer uso de los recursos bibliográficos que allí se poseen.

Se encuentra abierto al público sin ninguna restricción de lunes a viernes en el horario de atención del Instituto. Quienes lo visitan pueden consultar la base de datos y consultar los documentos en el espacio destinado para tal fin. Además se tienen convenios de préstamo interbibliotecario con bibliotecas de universidades y centros de documentación de otras entidades de interés para el Instituto.

El Centro de Documentación participa en la Red de Centros de Documentación del SINA desde el año 2002, asiste en los eventos programados por esta, y ha acogido las iniciativas de normalización propuestas.